En raison de leurs échanges restreints avec la mer, les milieux lagunaires sont considérés comme particulièrement vulnérables aux changements climatiques (précipitations et sècheresses) et à l'eutrophisation (enrichissement excessif en azote et en phosphore issus du bassin versant).
Ils sont ainsi soumis à diverses perturbations provoquant des changements de leurs conditions physico-chimiques. Les végétaux aquatiques, tels que les macrophytes et les microalgues (phytoplancton), sont très sensibles aux variations des conditions environnementales. Toute modification intervenant au niveau de ces compartiments biologiques est susceptible de bouleverser l’ensemble la chaine alimentaire. Ces organismes dépendent entre autre de la lumière et des nutriments disponibles.
C’est dans cette optique que l’étude de ces compartiments biologiques (tant sur la dynamique, la diversité, la distribution et le rôle fonctionnel des espèces) est d’une importance capitale dans les recherches et les suivis écologiques des écosystèmes lagunaires. À ce titre, les macrophytes et les microalgues constituent de bons bioindicateurs du statut écologique des milieux et permettent de fournir des diagnostics écologiques fiables.
L’objectif est donc ici d’étudier le fonctionnement écologique des différents milieux lagunaires de Corse à partir des macrophytes et des microalgues, afin de fournir un diagnostic écologique et une aide à leur gestion et à leur restauration dans un contexte de changement global (climatique et anthropique).